Meskipun Samsat lebih dikenal sebagai tempat pembayaran Pajak Kendaraan Bermotor (PKB), Samsat Batam Centre juga bertanggung jawab dalam administrasi pemungutan PAP atau Pajak Air Permukaan. Kepala UPTD PPD Batam Centre Patrick Nababan, S.E., M.A.P mengatakan bahwa untuk meningkatkan kesadaran, UPTD PPD Batam Centre (Samsat Batam Centre) juga menyelenggarakan sosialisasi kepada pelaku usaha dan kontrol terhadap PAP. Peran Samsat Batam Centre dalam mengontrol Pajak Air Permukaan memastikan bahwa pemanfaatan sumber daya air di Batam berjalan seimbang, antara kebutuhan ekonomi dan kelestarian lingkungan, sekaligus memaksimalkan penerimaan daerah untuk pembangunan berkelanjutan.